Et kraftig jordskjelv har rammet Tokyo og lagt byen i ruiner. Alle er utryddet, bortsett fra en gutt fra Oboro-klanen, en gammel Shinobi-slekt. En mystisk trollmann har påkalt overnaturlige skapninger kalt Hellspawn (helvetesyngel) og forvandlet Tokyo til en by av demoner.
Bare Hotsuma, den siste gjenlevende av Oboro-klanen, kan vinne tilbake Tokyo fra de onde kreftene og ta hevn for at klanen hans ble massakrert.
Gjør deg klar til å ta i bruk ninjamagi, løpe på vegger, teleportere deg rundt fiendene og bruke det forheksede sverdet Akujiki med knusende effekt.